A empresa emitente do Conhecimento de Transporte Eletrônico de Cargas - CT-e (Modelo 57) tem o prazo regulamentar de 168 horas contado da data/hora da autorização do documento para efetuar o cancelamento do CT-e, após este prazo, o documento fiscal eletrônico somente poderá ser cancelado extemporaneamente, através de solicitação encaminhada pelo portal do ICMS Transparente => Serviços ao contribuinte.

O contribuinte deve efetuar o pagamento da Taxa de Serviços Estaduais no valor de 10 UFERMS (por documento que o contribuinte deseja cancelar), prevista no item 49.02 da Tabela de Taxas de Serviços Estaduais referente à análise do pedido de cancelamento extemporâneo, o que não implica, necessariamente, no efetivo cancelamento do documento.

A normatização referente ao cancelamento extemporâneo do CT-e está prevista no Subanexo XIII ao Anexo XV, Art. 15-A: "Na hipótese da perda de prazo de que trata o art. 15, o CT-e somente pode ser cancelado mediante a autorização do Fisco, após análise do pedido formalizado nos termos do disposto no § 2º deste artigo. (Art. 15-A acrescentado pelo Decreto nº 13.537/2012. Efeitos desde 1º.12.2012.)".

Ainda conforme estabelecido no Subanexo XIII ao Anexo XV, Art. 15-A § 1º:

"§ 1º Não será autorizado o cancelamento extemporâneo, nos casos em que:
I – for constatada a escrituração ou a  circulação da mercadoria ou a prestação do serviço;
II – o CT-e tenha sido autorizado pelo sistema de SEFAZ Virtual de Contingência (SVC)."